Для восстановления обстоятельств убийства Георгия Гонгадзе украинскому следствию потребовалось 10 лет – журналист был похищен 16 сентября 2000 года.

Следствие установило, что роль Алексея Пукача в организации убийства Георгия Гонгадзе и похищении Алексея Подольского была ключевой. Причем сценарии двух преступлений аналогичны. Журналистов подбирал под видом такси автомобиль Hyundai Sonata, в котором находились Алексей Пукач и сотрудники МВД, и вывозил в лесопосадку, находящуюся за пределами Киева. Алексею Подольскому угрожали, что он сам себе будет копать могилу, показывая лопату и канистру с бензином. В случае с Георгием Гонгадзе эти угрозы были реализованы. Душил ремнем и первого, и второго тоже Алексей Пукач. И именно он организовывал слежку за журналистами, отдавал соответствующие приказы своим подчиненным, а впоследствии организовал перезахоронение тела Георгия Гонгадзе в Таращанском лесу, пишет Коммерсантъ.

Обвинение в отношении Алексея Пукача сформулировано по трем статьям Уголовного кодекса в двух редакциях: п. «и», «i» ст. 93 (редакция 1960 года; «умышленное убийство при отягчающих обстоятельствах, совершенное по заказу по предварительному сговору группой лиц или организованной группой»; карается лишением свободы сроком до 15 лет или пожизненным лишением свободы); ч. 3 ст. 166 (редакция 1960 года; «превышение власти или служебных полномочий, которое привело к тяжким последствиям»; карается лишением свободы сроком до 12 лет) и ч. 2 ст. 365 (редакция 2001 года; «превышение власти или служебных полномочий, которое сопровождалось насилием»; карается лишением свободы сроком до 8 лет). В целом, Пукачу может грозить пожизненное заключение.

Как пояснила представитель вдовы Георгия Гонгадзе - Валентина Теличенко, эти два эпизода были объединены, чтобы показать системность совершения преступлений Алексеем Пукачем. «Если не объединять эпизоды, суду не будет видно, что человек неоднократно совершал преступления, и его вина будет меньшей», – отметила она. С 15 сентября потерпевшие смогут приступить к изучению дела, а потом с ним ознакомится и Пукач. До передачи дела в суд следствие должно будет подготовить обвинительный вывод. Впрочем, говорить о том, что дело Гонгадзе раскрыто полностью, пока не приходится – так и не установлены заказчики его убийства. Предполагалось, что именно Алексей Пукач выведет следствие на заказчиков, однако до сих пор в качестве обвиняемого по делу проходил только он.

Между тем, издание «Украинская правда», ссылаясь на свои источники в Генпрокуратуре, пишет, что Алексей Пукач получил приказ убить Георгия Гонгадзе от тогдашнего министра внутренних дел Юрия Кравченко. Об этом идет речь в постановлении следователя Генпрокуратуры Александра Харченко о привлечении Пукача к уголовной ответственности.

«...Примерно 13-14 сентября 2000 года в своем служебном кабинете в городе Киеве по улице Богомольца, 10 министр внутренних дел Кравченко Ю.Ф. устно отдал начальнику ГУКП МВД Украины Пукачу А.П. явно преступный приказ - убить журналиста Гонгадзе Г.Р. для прекращения таким образом журналистской деятельности… Пукач А.П., действуя из личной заинтересованности и карьерных побуждений, не желая осложнять отношения с руководителем МВД Украины, а также рассчитывая снискать расположение Кравченко Ю.Ф. и получить повышение по службе и повышения специального звания работника милиции, согласился выполнить приказ Кравченко Ю.Ф., т.е. на заказ убить Гонгадзе Г.Р.», - говорится в постановлении следователя.

Также в постановлении сказано, что Кравченко отдавал приказ и на похищение и совершение насилия над помощником депутата Сергея Головатого Алексеем Подольским, чтобы побудить его прекратить оппозиционную деятельность.

В Генеральной прокуратуре отметили, что уголовное дело по заказчику убийства Гонгадзе закрыто в связи со смертью обвиняемого. Юрий Кравченко был найден мертвым 4 марта 2005 года на своей даче под Киевом - с двумя огнестрельными ранениями в голову. В тот день он должен был прийти по повестке на допрос в Генеральную прокуратуру по делу Гонгадзе.