История таможни на Слобожанщине насчитывает порядка 350 лет – в 1660 году харьковский воевода Иван Офросимов получил царскую грамоту, которой повелевалось построить в Харькове таможенную «избу» и для таможенной службы выбрать так называемых «целовальников» (таможенников) из служивых людей. В 1665 году харьковчане впервые были обложены оброком. В следующем году из них стали брать сбор за переезд по мосту через реку Харьков.

Новейший период истории Харьковской таможни начинается с обретения Украиной независимости – тогда и была установлена таможенная граница со всеми соседними государствами.